Στην περίπτωση των μαθητών με Μαθησιακές Δυσκολίες, χρειαζόμαστε αρχικά έγκυρη διάγνωση και περιγραφή των δυσκολιών, προκειμένου να εντοπίσουμε τις συγκεκριμένες δυσκολίες των μαθητών, να καθορίσουμε τους στόχους της παρέμβασης και να σχεδιάσουμε το κατάλληλο πρόγραμμα. Η αξιολόγηση θα πρέπει, επίσης, να είναι συνεχής, καθ’ όλη τη διάρκεια της παρέμβασης, για να ελέγχουμε τον σχεδιασμό του προγράμματος και το αν πετυχαίνουμε τους στόχους και υποστόχους μας. Πέρα από την τελική αξιολόγηση, η οποία θα εκτιμήσει την αποτελεσματικότητα του προγράμματος, θα χρειαστεί και επαναληπτική αξιολόγηση μετά από κάποιο διάστημα (follow-up) για να διαπιστώσουμε τη μονιμότητα των αποτελεσμάτων της παρέμβασης.

• Διεπιστημονική  αξιολόγηση
Προκειμένου να αποφασισθεί η αιτία των αναγνωστικών προβλημάτων αξιολογούνται μια σειρά από λειτουργίες όπως οι αισθητηριακές περιοχές. Η διεπιστημονική αξιολόγηση συνίσταται στην συνεργασία διαφορετικών επιστημονικών οντοτήτων και μοιράζεται την έρευνα για την πιθανή αποτύπωση και αιτιολογία του προβλήματος των μαθησιακών δυσκολιών. Στο KIDCENTER με την προσωπική επίβλεψη του διευθυντή και ψυχολόγου κ. Ν.Α. Σαπκάρη  διερευνώνται και αξιολογούνται οι οπτικές, ακουστικές και κινητικές λειτουργίες του παιδιού, καθώς και οι επιδόσεις - ικανότητές του σε σχέση με τη μνήμη και τη διαδοχή.

• Μέσα διάγνωσης και αξιολόγησης των μαθησιακών δυσκολιών
Με πλήρη κατανόηση ότι οι στρατηγικές εξυπηρετούν την ταξινόμηση των πληροφοριών γύρω από την συνολική εικόνα των επιδόσεων και της συμπεριφοράς του ατόμου στο χρόνο συντάσσεται ένα πρωτόκολλο. Σε αυτό καταγράφονται τα μέσα διάγνωσης και αξιολόγησης των μαθησιακών δυσκολιών, τα ονόματα και η συστοιχία των τεστ, τα σχόλια και οι ημερομηνίες αξιολόγησης και τα αποτελέσματα με σύντομη λειτουργική περιγραφή που διευκολύνει την παρέμβαση.   

•Τυπική – Άτυπη αξιολόγηση
Η τυπική αξιολόγηση χρησιμοποιεί τυπικά μέσα αξιολόγησης, δηλαδή σταθμισμένα τεστ με βάση τη νόρμα, τα οποία επιτρέπουν τη σύγκριση των επιδόσεων ενός μαθητή με τους άλλους μαθητές. Τα τεστ αυτά χρησιμοποιούνται για όλους τους μαθητές και ως εκ τούτου δεν λαμβάνουν υπόψη κάποιες ιδιαιτερότητες (π.χ. διαφορετική μητρική γλώσσα) και γι’ αυτό χρειάζονται προσοχή κατά την ερμηνεία των αποτελεσμάτων.
Η άτυπη αξιολόγηση χρησιμοποιεί άτυπα μέσα, δηλαδή διαγωνίσματα, γραπτές εργασίες, λίστες δεξιοτήτων, παρατήρηση, συνέντευξη κλπ. Τα άτυπα μέσα είναι εξ ίσου σημαντικά με τα τυπικά μέσα και μάλιστα διαθέτουν κάποια πλεονεκτήματα έναντι αυτών: α) συντάσσονται εύκολα μέσα από τα υλικά του αναλυτικού προγράμματος, β) είναι λιγότερο αγχογόνα για τα παιδιά, γ) μπορούν να γίνονται συχνά.

• Όταν αναλαμβάνουμε ένα παιδί με μαθησιακές δυσκολίες διαγνωσμένες από το ΚΕΔΔΥ ή το Ιατροπαιδαγωγικό Κέντρο, δεν μπορούμε να αρχίσουμε την παρέμβαση βασιζόμενοι μόνο στην τεχνική έκθεση που συνοδεύει το παιδί, η οποία δίνει μια γενική περιγραφή του προβλήματος. Για διαγνωστικούς λόγους, είναι απαραίτητο να αποσαφηνίσουμε τα συγκεκριμένα προβλήματα που αντιμετωπίζει ένα παιδί. Άρα, κατασκευάζουμε τεστ που θα καλύπτουν όλες τις πιθανές προβληματικές περιοχές, για να εντοπίσουμε εκείνες στις οποίες χρειάζεται να σχεδιάσουμε παρέμβαση και πάνω στις οποίες θα βασίσουμε το πρόγραμμά μας ορίζοντας στόχους. 

• Κατά τη διάρκεια της παρέμβασης, θα χρειαστεί να ελέγξουμε την πορεία του προγράμματος και την επίτευξη των υποστόχων. Με τη διαμορφωτική αξιολόγηση θα μπορέσουμε να εντοπίσουμε σημεία που χρειάζονται βελτίωση και τυχόν αλλαγές που επιβάλλεται να γίνουν στο πρόγραμμα. 

• Στο τέλος του προγράμματος χορηγούμε τετ επίδοσης για να αξιολογήσουμε την επίτευξη του σκοπού του προγράμματος.

Στόχοι της αξιολόγησης
Η διαγνωστική αξιολόγηση των μαθησιακών δυσκολιών πάντως, με όποια μορφή και όποια μέσα κι αν γίνεται, έχει τις περισσότερες φορές δύο στόχους : Ο πρώτος στόχος είναι, μέσω της διαφοροδιάγνωσης να αποκλείσει αιτίες προβλημάτων (π.χ. νοητική υστέρηση) και  κατόπιν, μέσω της διάγνωσης, να διαπιστώσει το πρόβλημα και να κατατάξει το παιδί σε κάποια ταξινομητική κατηγορία (π.χ. δυσλεξία, δυσαριθμησία).  Η διαπιστωτική αξιολόγηση γίνεται από επίσημα πιστοποιημένη διαγνωστική δομή ή πλαίσιο (ΚΕΔΔΥ, Ιατροπαιδαγωγικά κέντρα).
 Ο δεύτερος στόχος της αξιολόγησης των μαθησιακών δυσκολιών, είναι ο προγραμματικός - παρεμβατικός, ο οποίος εστιάζεται στη συγκέντρωση περισσότερο εξειδικευμένων πληροφοριών για το παιδί, με στόχο την πολύπλευρη υποστήριξή του και την κατασκευή διδακτικο-θεραπευτικών προγραμμάτων αντιμετώπισης των προβλημάτων που αντιμετωπίζει. 
Με άλλα λόγια, η αξιολόγηση χρησιμοποιείται για να αποσαφηνίσει όψεις της πραγματικής κατάστασης του παιδιού σε ό,τι αφορά την ικανότητά του να μαθαίνει, με σκοπό να βρεθούν τρόποι για αποτελεσματικότερη διορθωτική παρέμβαση και υποστήριξή του στη μαθησιακή του πορεία στο σχολείο. 
Η αξιολόγηση πρέπει να εξετάζει συγκεκριμένα:
α) αν οι δυσκολίες του παιδιού στη μάθηση, αλλά και στην κοινωνική του ίσως προσαρμογή, οφείλονται σε κάποια ειδική εκπαιδευτική ανάγκη.
β) αν το παιδί χρειάζεται ειδική αγωγή και
γ) ποιος είναι ο πιο ενδεδειγμένος τύπος εκπαίδευσης.